Présentation

Shanoir (Sharing NeurOImaging Resources) est une solution logicielle open source pour partager, archiver, chercher et visualiser des données de neuroimagerie. Elle offre un accès web sécurisé et propose un workflow intuitif pour faciliter la collecte et l'import de données de neuroimagerie depuis des sources multiples (CD/DVD Dicom, réseau, fichiers existants, etc.). Shanoir est fourni avec de nombreuses fonctionnalités telles que l'anonymisation des données et le support pour les études cliniques multi-centriques sur un sujet ou des groupes de sujets.

Shanoir gère les données et métadonnées selon une organisation basée sur une ontologie (OntoNeuroLOG). Les avantages sont, entre autres, de faciliter la réutilisabilité des données et métadonnées, l'intégration de données traitées et fournir une meilleure traçabilité à travers une approche évolutive.

Shanoir permet aux chercheurs, cliniciens, doctorants et ingénieurs de mener des projets de recherche dotés de contrôles qualité dans le cadre de collaborations distantes ou locales. En tant qu'application J2EE sécurisée, elle vous permet d'archiver et stocker vos données en toute tranquilité, avec ni plus ni moins qu'un simple ordinateur équipé d'une connexion internet!

Par ailleurs, Shanoir n'est pas qu'une application web : c'est également une solution logicielle de neuroinformatique complète dans laquelle vous pouvez facilement intégrer vos outils de traitement d'images existants et développer vos propres outils : voir ShanoirTk.

Shanoir est un projet de l'équipe VisAGeS, située à l'IRISA (INRIA Rennes - Bretagne Atlantique Research Centre). Ce logiciel est distribué sous licence QPL 1.0.

Workflow

Fonctionnalités

Architecture

  • Collecte de données de neuroimagerie depuis des sources mutliples :
    • CD/DVD Dicom
    • Nifti
    • Analyze
    • PACS
    • Dicom SCP
  • Contient des outils pour le transfert des données
  • Plateforme de neuroinformatique extensible et personnalisable
  • Gestion des données brutes et traitées
  • Partage souple des données de neuroimagerie
  • Anonymisation et respect de la vie privée du patient
  • Transfert sécurisé des données de neuroimagerie
  • Visualisation en ligne des données stockées
  • Sauvegarde des données
  • Accès web sécurisé avec une interface user-friendly
  • Recherche des données et métadonnées
  • Téléchargement facile des données stockées
  • Filtre sur les résultats de requête
  • Intégrité des données
  • Génération de rapports des études cliniques au format PDF
  • Organisation des données selon une ontologie (OntoNeurolog)
  • Contrôle d'accès utilisateur
  • Support pour les sujets sains, pathologiques et les groupes de sujets
  • Support sharing neuroimaging for multi-center clinical studies
  • Réutilisation facile de données existantes

A venir

  • Contôles qualité - Quality checks (QC):
    • QC protocole d'examen
    • QC protocole d'acquisition
    • QC qualité d'image
    • Automatique, semi-automatique and manuel
  • Fournit des outils pour :
    • Récupérer facilement toutes les données et métadonnées pour un sujet
    • Recherche
    • Import
  • Moniteur d'état du processus d'import
  • Améliorer la gestion des pipelines de traitement d'images
  • Gestion des documents administratifs liés à une étude

Boîte à outils

Shanoir est fourni avec un ensemble d'outils combinés dans une boîte à outils appelée ShanoirTk. Puisque Shanoir est une solution logicielle open source, vous pouvez facielement et librement développer vos propres outils et les intégrer à la plateforme pour répondre à vos besoins particuliers.

Foire Aux Questions

Pourquoi partager des données de neuroimagerie ?

According to Whyte, A. (2008), "Neuroimaging Data Landscapes: Annex to SCARP Case Study No. 1", Digital Curation Centre, Retrieved 11/11/2009, from http://www.dcc.ac.uk/scarp, there are many advantages in sharing your neuroimaging data:

  • Comparison of findings across laboratories, and better assessment of reliability and reproducibility
  • Encouraging meta-analyses that explore phenomena not apparent in individual datasets
  • Access to existing data for investigators without neuroimaging facilities
  • More efficient use of neuroimaging data since this is relatively expensive to collect.

Comment intégrer mes outils de traitement d'images ?

One objective of research in neuroimaging is the construction of anatomical and functional cerebral maps under normal and pathological conditions.
Recent improvements in image processing techniques, such as segmentation, registration, delineation of the cortical ribbon, modeling of anatomical structures and multi-modality fusion, make possible this ambitious goal in neuroimaging.
Thus, most research teams in neuroinformatics produce processing tools and neuroimaging analysis software.

Quelles sont les autres solutions de partage de données de neuorimagerie ?

BAXSQL: BAXSQL is a data management tool developed to support the management of functional magnetic resonance imaging (fMRI) data sets in the Medical Grid Project (MGP) testbed (http://www.medgrid.org/).
Human Imaging Database: The Human Imaging Database (HID) is an extensible database management system developed to handle the increasingly large and diverse datasets collected as part of the MBIRN and FBIRN collaboratories and throughout clinical imaging communities at large.
LONI Image Data Archive: The LONI Image Data Archive (IDA) is a user-friendly environment for archiving, searching, sharing, tracking and disseminating neuroimaging and related clinical data.
Extensible Neuroimaging Archiving Toolkit (XNAT): An Informatics Platform for Managing, Exploring, and Sharing Neuroimaging Data.
SINAPSE: SINAPSE is a consortium of six Scottish universities; Aberdeen, Dundee, Edinburgh, Glasgow, St. Andrews, and Stirling. It has been established with funding from the Scottish Funding Council, the Chief Scientific Office and the Universities. The aim of this world-class consortium is to create a strong dynamic network for a shared environment for strategic research development in brain imaging.

Ils utilisent Shanoir


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