Manuel utilisateur

Introduction

Le projet Shanoir (Sharing NeurOImaging Resources) est une plateforme de partage de données de neuroimagerie.

Shanoir propose à ses utilisateurs de gérer, d'importer et de récupérer des données issues des appareils d'imagerie. Un grand nombre de modalités sont supportées.

Pour spécifier les données de neuroimagerie importées, les utilisateurs sont appelés à renseigner des métadonnées qui sont structurées selon une ontologie (OntoNeuroLOG).

En améliorant l'exploitabilité et en assurant l'intégrité des données de neuroimagerie, Shanoir permet aux chercheurs, médecins et ingénieurs d'améliorer la qualité des études mono ou multicentriques qu'ils souhaitent mener.

De plus, l'extraction de connaissances depuis la base de données est facilitée par la possibilité d'effectuer des recherches sur les métadonnées.

Shanoir est une application web, développée à l'aide de l'environnement de développement JBoss Seam et ne nécessite à ce titre aucune installation sur les postes clients.

Shanoir est développée par l'équipe VisAGeS à l'IRISA (Centre de recherche INRIA Rennes - Bretagne Atlantique).

Home Page

Copyright

Shanoir est copyright INRIA 2009.

General

Les rôles utilisateur

Explications sur les entités/tables

Subject

La table SUBJECT représente un sujet, sans notion d'état pathologique. Pour éviter toute confusion, voici la description des identifiants des sujets :

Colonne de la base de données Signification Unique Détails
SUBJECT.SUBJECT_ID Clé primaire de la base de données oui Identifiant utilisé uniquement par le SGBD. Il est incrémental et n'est associé à aucune sémantique.
SUBJECT.NAME Common name oui C'est un pseudonyme commun du sujet. Comme l'anonymisation est obligatoire, on donne au sujet un nom mnémotechnique.
SUBJECT.SUBJECT_IDENTIFIER Subject Identifier oui N'est logiquement pas connu par l'utilisateur de Shanoir. Cet identifiant est utilisé par le système pour s'assurer qu'un même sujet n'est pas inclus plusieurs la base de données. Un algorithme de hachage basé sur le nom, prénom et la date de naissance du sujet permettent d'obtenir le Subject Identifier.
REL_SUBJECT_STUDY.SUBJECT_STUDY_IDENTIFIER Subject identifier for this research study non C'est l'identifiant du sujet au sein d'une étude. On peut en effet nommer un même sujet avec plusieurs noms en fonction de l'étude dans laquelle on souhaite l'inclure

Manage Data

Création/suppression/modification des entités

Les actions de création/suppression/modification ne sont pas réalisables par les utilisateurs de profil 'guest'.

Création

Suppression

Il est possible de supprimer des entités créées dans Shanoir à condition que cela ne crée pas d'incohérence dans la base de données.
Pour supprimer les investigateurs, les sujets et les centres, il est donc nécessaire de s'assurer que ceux-ci ne sont pas utilisés dans des études.
Pour supprimer les données d'une étude (examens, datasets), il est nécessaire d'être membre de l'étude et d'avoir les droits suffisants.

Suppression de datasets

Parfois, il arrive d'importer des données et de vouloir les supprimer. Un problème courant par exemple est la création de n volumes 3D au lieu d'un volume 4D. Ceci a pour effet de créer n dataset acquisitions (pour éviter ce problème, se référer à regler_le_probleme_d_une_sequence_qui_cree_plusieurs_datasets_au_lieu_d_un_seul). Il est alors nécessaire de supprimer les données et d'importer à nouveau.

La suppression des entités peut se faire à travers le menu “Manage Data”. On y trouve les pages qui permettent de supprimer toutes les entités.

Lorsqu'un utilisateur supprime un dataset, cela supprime également les fichiers qui se trouvent sur le NAS. En revanche, les fichiers DICOM qui se

Modification

Recherche de datasets

Import Data

L'import de données consiste à importer des données dans le logiciel Shanoir. Ces données sont des images de neuroimagerie. Actuellement, seule la modalité IRM est supportée. Les données importée peuvent être brutes (cad directement produite par la machine d'acquisition IRM) ou traitées (cad des résultats de traitement. ex: débruitage). Il est également possible d'importer des données de spectroscopie, des cartes T1, T2, etc.

Import de données brutes

Quelle que soit la source d'import (CD/DVD, association Dicom, fichiers), les données à renseigner pour l'import sont identiques. La procédure d'import respecte se décompose en plusieurs étapes :

  1. Choix du type d'import : l'utilisateur est invité à choisir la source des données
  2. Sélection des données : cette étape varie en fonction du type d'import.
  3. Sélection de la modalité : pour le moment, seule la modalité IRM est supportée.
  4. Sélection du contexte clinique : sélectionner/crée le sujet, l'étude, le centre d'examen.
  5. Anonymisation : les données sont anonymisées. Il est également possible d'envoyer les données sur un PACS de sauvegarde. Les images sont converties au format Nifti et transférées sur le Nas.
  6. Sélection et application de la study card : l'utilisateur est amenée à sélectionner une study card qui correspond au centre d'examen et à l'étude pour laquelle s'effectue l'import.

Sources d'import

Il est possible d'importer des données depuis plusieurs sources

Depuis un CD/DVD Dicom

Il est possible d'importer des données depuis un CD/DVD Dicom. Cependant, en raison de limitations dûes à la nature de Shanoir, il n'est pas possible de sélectionner les données directement depuis le CD/DVD Dicom.

Il est nécessaire de créer une archive zip à partir du CD/DVD Dicom. Pour cela, c'est très simple : utilisez votre archiveur préféré et zippez le CD/DVD Dicom depuis la racine.

Exemple sous Windows

Il suffit de cliquer avec le bouton droit de la souris sur le lecteur de CD/DVD et de compresser au format zip.

compression CD/DVD Dicom

Une fois l'archive zip obtenue, il faut la charger sur le serveur Shanoir. Pour cela, il suffit d'appuyer sur le bouton Add… et de sélectionner le fichier zip:

upload dicom zip

Attention : des contrôles sont appliqués sur le fichier zip que vous chargez : celui-ci doit impérativement contenir à la racine un fichier DICOMDIR.

Depuis une association Dicom

Depuis des fichiers

Menu Préférences

Général

Modifier son profil

Administration

Gérer les utilisateurs

Gérer les droits sur les études

Modifier les valeurs des entités de référence

Les utilisateurs possédant le profil “Administrateur” sont autorisés à modifier les valeurs de certaines entités de référence. Dans la base de données, cela correspond aux tables dont le nom commence par “REF_*”. Pour atteindre cette fonction, il faut se rendre dans le menu “Administration > Modification des constantes”.

Study Card

Une Study Card est un moyen utilisé pour l'import de données qui a pour objectif de faciliter l'import pour les utilisateurs.

Une Study Card peut être vue comme une carte de protocole qui inclut des paramètres qui permettront d'assigner automatiquement certaines valeurs à certains champs de la base de données. En effet, pour un utilisateur non averti, il est difficile de savoir comment renseigner des champs dont la sémantique est liée à l'ontologie sur laquelle se base Shanoir.

Une Study Card est définie pour un couple (centre, étude). Il peut y avoir plusieurs Study Cards pour un même couple (centre, étude).

Qui définit les Study Cards ?

Les Study Cards peuvent être créées/supprimées/modifiées uniquement par des utilisateurs dont le profil est Expert, Medical ou Administrator. La création/suppression/modification des Study Cards peut être faite dans l'onglet Administration>Manage Study Cards. La création de Study Card peut également se faire lors du processus d'import de données.

Comment créer une Study Card ?

Pour créer une Study Card il faut tout d'abord lui donner un nom unique. Il faut ensuite choisir l'étude et le centre pour lesquels la Study Card est créée. Il faut ensuite ajouter les paramètres de configuration. Pour cela, il est possible de définir 2 types de configuration :

  1. Paramètres systématiques
  2. Paramètres conditionnels en fonction de Tags Dicom
Paramètres systématiques

Ce sont des paramètres qui seront appliqués systématiquement Par exemple :

Paramètres systématiques

La première colonne correspond à la table de la base de données. La seconde colonne correspond à la colonne de la table sélectionnée La troisième colonne (suivant le cas le cas, ce peut être un champ texte) correspond à la valeur assignée à la colonne de la table. La case à cocher indique si l'utilisateur qui sélectionne cette Study Card est autorisé à modifier la valeur du champ systématique.

Paramètres conditionnels en fonction de Tags Dicom

Il est également possible de définir des parmètres en fonction des Tags Dicom des séries à importer. Il est ainsi possible de définir pour n'importe quel tag Dicom l'algorithme suivant :

si Tag.DICOM == 'value' alors
   // appliquer paramètre systématique
fsi

Voici un exemple :

Paramètres systématiques

La première colonne de la première ligne correspond au Tag Dicom. La seconde colonne de la première ligne correspond à la valeur conditionnelle du Tag Dicom. La seconde ligne est identique aux paramètres systématiques décrits précédemment.

Comment utiliser les Study Cards ?

Au moment de l'import, il suffit de sélectionner la Study Card adéquate lorsque le choix de la Study Card s'offre à l'utilisateur.

Actions

Signaler un bug ou une demande d'évolution

Les utilisateurs ont la possibilité de signaler un bug ou une demande d'évolution. Il leur est demandé de remplir l'objet, la date d'apparition du bug (si c'est un bug) et une description détaillée de la requête à soumettre. L'ajout de fichiers sert pour les captures d'écran et les rapports d'erreur, il est facultatif. A l'issue de la requête, un mail est envoyé automatiquement à l'administrateur avec, en pièces jointes, les fichiers ajoutés par l'utilisateur.

Limitations

Conversion Nifti : .bvec et .bval

Expliquer le souci de nommage avec les données DTI + expliquer le possible écrasement si ajout de données pour le même patient et même examen.


Outils personnels